Covid-19 et monde animal, d’une origine encore mystérieuse vers un futur toujours incertain

Extraits du rapport de deux Académies

Résumé

Bien que l’émergence de la Covid-19 en Chine n’ait pas été clairement élucidée, l’hypothèse d’une origine animale reste la plus probable. Elle est étayée par la présence de la chauve-souris fer à cheval suspectée d’être le progéniteur du SARS-CoV-2 et par la raréfaction de la viande de porc, due à la peste porcine africaine, détournant les consommateurs vers des animaux exotiques d’élevage vendus sur les marchés. Au cours de cette pandémie, plusieurs espèces animales ont été atteintes par le SARSCoV-2. Des cas sporadiques ont d’abord été rapportés chez des animaux de compagnie (chiens et chats) contaminés par leurs propriétaires, puis des grands félins et des gorilles contaminés dans des zoos par leurs soigneurs. La transmission la plus importante de l’Homme à l’animal a eu lieu dans les élevages de visons, surtout aux Pays-Bas et au Danemark, nécessitant l’euthanasie de plusieurs millions d’animaux, les visons ayant, à leur tour, contaminé des Hommes et des chats errants. L’étude des transmissions naturelles ou expérimentales du SARS-CoV-2 a permis d’identifier les espèces animales les plus réceptives : les visons d’Amérique et les chiens viverrins, et dans une moindre mesure les chats errants, qui pourraient devenir un réservoir animal en raison de leur sensibilité à ce virus et de leur prolificité.

La Commission européenne a décidé le 17 mai 2021 de renforcer la surveillance des infections par le SARS-CoV-2 chez les visons et d’autres mustélidés, ainsi que chez des chiens viverrins, en soulignant que l’évaluation épidémiologique du risque que présente l’apparition du SARSCoV-2 chez ces espèces sensibles était une priorité de santé publique. […]

Introduction

On ne connaît toujours pas l’origine exacte du SARS-CoV-2 ni les circonstances des premières contaminations humaines. La dernière enquête effectuée en Chine par des experts de l’organisation mondiale de la santé (OMS) confirme qu’il s’agit probablement d’une zoonose, mais le réservoir animal de ce virus n’a toujours pas été identifié, la chauve-souris restant la principale espèce incriminée. Parallèlement le nombre d’espèces animales sensibles au SARS-CoV-2 a augmenté, soit à la suite d’une contamination naturelle, soit dans des conditions expérimentales. Les données actuelles ne permettent d’émettre que des hypothèses sur l’origine animale de la Covid-19 et sur la persistance des variants dominants du SARS-CoV-2 dans le futur. Il importe donc de connaître la sensibilité des différentes espèces animales afin d’évaluer le risque potentiel d’un réservoir zoonotique pour cette infection virale. […]

Origine du SARS-CoV-2

Si le SARS-CoV-2 responsable de la Covid-19 a été immédiatement isolé et identifié, il n’a pas été possible de déterminer l’origine exacte de ce virus ni les animaux ayant pu éventuellement le transmettre dans le marché de Wuhan. Très rapidement la chauve-souris a été suspectée du fait d’une homogénéité génomique de 96,2 % entre le SARS-CoV-2 et une souche proche du SARS-CoV, nommée RaTG13. Cette souche avait été isolée chez la chauve-souris fer à cheval Rhinolophus affinis dans une grotte du Yunnan en 2013. Dans cette même zone géographique, six travailleurs ayant travaillé dans une ancienne mine hébergeant une forte densité de chauves-souris fer à cheval avaient présenté les signes d’une grave pneumonie semblable à la Covid-19.

Cependant, ce coronavirus RaTG13 ne peut être considéré comme le progéniteur direct du SARSCoV-2. En effet, rappelons que la glycoprotéine de surface S (spicule) du virus s’attache à la cellule hôte grâce à l’interaction entre le receptor binding domain (RBD) de cette protéine S et l’angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), un récepteur situé à la surface de la membrane cellulaire de l’hôte. La fusion membranaire ainsi obtenue permet l’entrée du virus dans la cellule. Or le RBD de la souche RaTG13 ne présente qu’une faible affinité de liaison avec l’ACE2 humain.

Une autre hypothèse impliquant un coronavirus du pangolin (Pangolin-CoV), capable d’infecter l’Homme a été évoquée. Cependant cette hypothèse reste peu probable car les coronavirus isolés chez le pangolin sont plus éloignés du SARS-CoV-2 que les coronavirus isolés chez plusieurs espèces de chauve-souris, aussi bien en Chine qu’au Japon, au Cambodge et en Thaïlande. Aucun de ces virus ne s’est toutefois révélé identique au SARS-CoV-2.

Les premiers cas de Covid-19 ont été identifiés à Wuhan, principalement chez des personnes ayant fréquenté le marché de fruits de mer de Huanan où de nombreuses espèces animales domestiques mais aussi d’origine sauvage étaient commercialisées. Plusieurs facteurs de risque de contamination par des animaux de la faune sauvage étaient réunis fin 2019 et début 2020 dans ce marché, comme dans d’autres marchés chinois :

1. Dès 1988, les autorités chinoises ont encouragé financièrement l’élevage sous licence d’animaux de la faune sauvage dans de nombreuses provinces dont le Yunnan afin de réduire l’exode des populations rurales. Les animaux ainsi élevés étaient principalement des civettes, des rats de bambou et des cerfs Zika, ainsi que des animaux à fourrure comme les visons, les renards et les chiens viverrins. Le développement de ces fermes d’animaux sauvages fut un succès économique puisque leur activité rapporta plus de 80 milliards de dollars en 2016 et permit l’emploi de 14 millions de travailleurs. En janvier 2017, ces animaux exotiques étaient vendus, vivants pour la plupart, dans 52 % des marchés et étaient proposés dans 40 % des restaurants en Chine.
2. En 2018, l’apparition de la peste porcine africaine (PPA) en Chine, premier producteur de porcs au monde (soit 50 % de la production mondiale), a provoqué une chute de l’approvisionnement en viande porcine poussant les consommateurs chinois à rechercher d’autres viandes produites localement, notamment dans les élevages d’animaux sauvages. L’enquête des experts de l’OMS a relevé que plusieurs animaux vendus sur le marché de Wuhan provenaient d’élevages du Yunnan. En 2019, la pénurie alimentaire en viande porcine a certainement intensifié la chasse des espèces sauvages, ainsi que le commerce frauduleux de la viande de visons, de chiens viverrins ou de renards élevés pour leur fourrure. Une telle situation offrait les opportunités pour le SARS-CoV-2 de contaminer l’Homme via des hôtes intermédiaires qui restent à découvrir.
3. Confrontées à l’épidémie de Covid-19 qui se développait à Wuhan, les autorités chinoises ont promulgué dès le 24 février 2020 « l’interdiction complète du commerce illégal des espèces sauvages et l’élimination de l’habitude malsaine de la consommation aveugle de viande d’animaux sauvages pour la protection de la vie et de la santé humaines », en prévoyant d’indemniser les millions d’éleveurs concernés par cette décision brutale, révélant ainsi qu’elles avaient bien conscience des risques liés à ces pratiques.
4. Enfin, le 29 mai 2020, la Chine a établi pour la première fois la liste positive des 33 espèces animales domestiques pouvant être élevées sur son territoire. Le chien, considéré comme un animal de compagnie non consommable depuis le mois d’avril 2020, en était exclu. Cette liste intégrait les visons, les renards argentés, les renards arctiques et les chiens viverrins, quatre espèces pouvant être élevées pour leur fourrure, en tant qu’animal domestique non consommable, afin de préserver l’industrie de la fourrure en Chine.

Trois hypothèses sur l’origine de la pandémie ont été alors émises dans le rapport de l’OMS, assorties de leur niveau de probabilité :

• transmission zoonotique directe (de la chauve-souris ?) à l’Homme : possible à probable ;
• passage par un hôte intermédiaire (chat ? vison ? chien viverrin ? blaireau-furet ? pangolin ?) : probable à très probable ;
• introduction par des produits alimentaires, notamment des produits congelés : possible.

Le scénario d’un virus échappé d’un laboratoire, considéré comme improbable dans ce rapport, a pourtant été contesté lors de la présentation de celui-ci le 31 mars 2021 par le directeur général de l’OMS et, plus tard en mai 2021, par 18 chercheurs. Ceux-ci considéraient que des études supplémentaires étaient encore nécessaires pour déterminer l’origine de la pandémie. Cependant, il importe de connaître l’origine de l’apparition de la Covid-19 pour élaborer et développer des stratégies de prévention adaptées face au risque zoonotique de futures pandémies.

Actuellement, l’hypothèse la plus probable étant celle d’un hôte intermédiaire, il est essentiel d’approfondir les connaissances sur la sensibilité des espèces animales au SARS-CoV-2 et la possibilité de sa transmission par contact entre espèces différentes. Des études scientifiques de terrain et en laboratoire sont nécessaires pour évaluer le risque zoonotique. Les évaluations in silico [simulations informatiques] et in vitro des interactions entre la protéine S du SARS-CoV-2 et le récepteur de l’ACE2 de l’hôte ont permis de prédire la sensibilité à l’infection de plusieurs espèces animales. Mais ce sont surtout les preuves par l’observation de contaminations naturelles et/ou expérimentales qui permettront de documenter cette sensibilité et qui seront discutées dans ce rapport […].

Les espèces animales sensibles aux SARS-CoV-2

Animaux de compagnie

Après l’apparition d’un premier cas de contamination d’un chien de compagnie par son propriétaire malade à Hong Kong le 26 février 2020, plusieurs cas d’infections sporadiques d’origine humaine chez les chiens et les chats ont été observés dans le monde. Expérimentalement le chat semble plus sensible au SARS-CoV-2 que le chien, avec la possibilité d’une transmission inter-espèces. Des études sérologiques effectuées dans plusieurs pays ont permis de confirmer qu’il existait un risque de contamination des chiens et surtout des chats par la Covid-19. Une étude italienne récente a montré une séroprévalence du SARSCoV-2 plus élevée chez les chats (16,2 %) que chez les chiens (2,3 %), en particulier chez les animaux vivant en contact étroit avec des propriétaires ayant été contaminés par le virus. L’origine de la contamination des chats errants est une question qui s’est posée dès avril 2020 à Wuhan puis dans d’autres pays (Iran, Italie, Espagne, Pays-Bas). Des chercheurs néerlandais ont démontré pour la première fois que la contamination du chat errant pouvait avoir pour origine le vison.

Enfin, le variant B.1.1.7 n’a pas épargné les animaux de compagnie au Texas et en Angleterre. Dans ce dernier pays, des vétérinaires ont observé une augmentation de l’incidence des troubles cardiaques, en l’absence de tout signe respiratoire, dans leur clientèle […] de cardiologie passant de 1,4 % à 12,8 % (8,5 % chez les chats et 4,3 % chez les chiens). La courbe épizootique de ces cas suit la même dynamique que celle de l’épidémie humaine due au variant anglais. Ces aspects cliniques particuliers liés à un variant du SARS-CoV-2 chez l’animal démontrent l’intérêt du séquençage de ce virus en médecine vétérinaire.

Au 20 juin 2021, il n’a pas été démontré que le chien ou le chat infecté dans les « conditions naturelles » (autres qu’expérimentales) pouvait transmettre le SARS-CoV-2 à un autre animal ou à l’Homme. […]

Autre animal de compagnie, le furet est très sensible à l’infection expérimentale et quelques cas de contamination naturelle ont été observés.

Grands félins

La sensibilité du chat au SARS-CoV-2 pouvait laisser supposer qu’il existait une sensibilité particulière des félidés sauvages à ce virus, la confirmation fut apportée chez des pensionnaires de zoos vraisemblablement contaminés par leurs soigneurs. Cependant, il n’a pas été observé de transmission ultérieure du SARSCoV-2 de l’animal vers l’Homme.

Lagomorphes, rongeurs et Tupalidae

Les lagomorphes (lapins) et les rongeurs se sont parfois révélés sensibles au SARS-CoV-2 dans des conditions expérimentales. […]
Une seule étude expérimentale a démontré la sensibilité du lapin au SARS-CoV-2.
Parmi les rongeurs, les hamsters se sont révélés très sensibles. La souris domestique s’est révélée résistante aux premiers essais de transmission. Des souris transgéniques exprimant l’ACE2 humaine ont donc été développées comme modèle expérimental pour étudier la pathogenèse et les modes de transmission de la maladie. Il a été également possible d’adapter une souche de SARS-CoV-2 par passage en série sur des souris BALB/c [souris élevées en laboratoires pour les expérimentations animales]. […]

Cas particulier de la faune liminaire

D’autres travaux ont été réalisés pour évaluer le risque lié à la faune sauvage liminaire (animaux de la faune sauvage vivant proche des habitations) quant à leur rôle éventuel comme source de contamination pour l’Homme ou pour leurs prédateurs, le développement de l’urbanisation pouvant favoriser les rencontres entre les animaux de compagnie (chats nomades) et la faune sauvage liminaire (rongeurs et mustélidés). Les études portaient, en Europe, chez la souris domestique et le campagnol roussâtre et, en Amérique du Nord, chez d’autres espèces parfois non présentes en Europe comme, par exemple, la souris sylvestre. On peut noter que tous les léporidés ne sont pas tous sensibles au SARS-CoV-2 comme le lapin : c’est le cas du lapin d’Amérique (Sylvilagus sp.) qui s’est révélé résistant à ce virus.

La recherche de la sensibilité au SARS-CoV-2 parmi d’autres espèces de la faune sauvage liminaire pourrait amener à découvrir des réservoirs de ce virus. Enfin, il ne faut pas négliger le risque lié aux chats errants et sauvages, sensibles au SARSCoV-2 et prédateurs des rongeurs.

Autres espèces

Les primates non humains ont été infectés expérimentalement car il s’agit de modèles animaux pour l’étude de l’infection humaine. Des cas d’infection naturelle ont été observés dans un zoo aux USA chez des gorilles contaminés par leur soigneur. Toujours aux USA, il a été possible de démontrer la sensibilité du cerf de Virginie.

On pouvait s’inquiéter de la sensibilité des animaux de production au SARS-CoV-2 du fait de leurs contacts étroits avec l’Homme, mais aucune infection naturelle n’a été rapportée à ce jour chez des animaux destinés à la consommation humaine, qu’il s’agisse des volailles, des porcs ou des ruminants. Chez le porc domestique, les résultats expérimentaux sont divergents, certaines études concluant à la résistance de cette espèce au SARS-CoV-2 et d’autres démontrant la présence de l’ARN viral avec séroconversion chez deux porcs sur 16 inoculés. Bien que contradictoires, ces résultats suggèrent une très faible sensibilité du porc au SARS-CoV-2. Il en est de même pour l’espèce bovine.

Cas particulier des animaux élevés pour leur fourrure (visons, chiens viverrins)

Depuis le 26 avril 2020, date à laquelle les Pays-Bas ont annoncé les premiers cas d’infection par le SARS-CoV-2 d’origine vraisemblablement humaine dans une ferme de visons, de nombreux pays ont confirmé le risque élevé de contamination dans les visonnières, notamment le Danemark, premier producteur mondial.

Selon le rapport scientifique de l’European Food Safety Authority (EFSA) et de l’European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), la santé humaine peut être menacée par des virus variants liés au vison. Tous les élevages de visons doivent être considérés à risque d’infection et faire l’objet d’une surveillance renforcée.

Outre la contamination possible du vison d’élevage vers l’Homme ou vers le chat, le risque d’un réservoir sauvage de SARS-CoV-2 chez des visons d’Amérique revenus à l’état sauvage (évadés de visonnières ou parfois libérés par malveillance) ne peut être exclu. En effet, le premier cas positif de Covid-19 chez un vison sauvage (probablement échappé d’un élevage) a été déclaré dans l’État de l’Utah (États-Unis) à la suite d’une surveillance mise en place autour d’élevages contaminés. En Europe, les premiers cas d’infection chez des visons sauvages ont été déclarés en Espagne, sans lien avec des élevages de visons ou un contact avec l’Homme. En France, le vison d’Amérique a été classé par l’arrêté ministériel du 2 septembre 2016 comme une espèce « nuisible » sur l’ensemble du territoire métropolitain car sa prolificité menace le vison d’Europe (Mustela lutreola). Le vison d’Amérique est surtout présent en Bretagne (foyer historique s’étendant vers la Normandie et la Vendée), en Nouvelle-Aquitaine et en Occitanie.

Les chercheurs de l’Institut Friedrich Loeffler en Allemagne ont montré que les chiens viverrins étaient sensibles au SARS-CoV-2 et qu’ils pouvaient contaminer d’autres congénères par contact direct. Ces animaux peuvent être considérés comme des hôtes intermédiaires potentiellement impliqués dans la propagation de la Covid-19. S’il n’existe pas d’élevages importants de chiens viverrins en Europe comme [il en existe] en Chine, on peut retrouver ces animaux à l’état sauvage après qu’ils ont été relâchés dans la nature ou qu’ils se sont évadés de zoos ou de laboratoires (où ils sont notamment utilisés dans les études sur la rage). L’arrêté du 24 mars 2014 considère que ce canidé est une espèce nuisible pour la faune locale sur tout le territoire français.

La famille des Canidae présente une sensibilité au SARS-CoV-2 très variable : le chien est considéré comme peu réceptif mais la sensibilité d’autres canidés sauvages ne peut être exclue, notamment le renard roux (Vulpes vulpes). Notons que c’est surtout dans les pays comme la Chine ou la Russie, qui pratiquent des élevages à forte densité d’animaux pour leur fourrure (chiens viverrins et renards), que le risque de contaminations humaines pourrait atteindre le niveau observé dans les élevages de visons néerlandais et danois.

Commentaires

Si à l’heure actuelle, l’Homme est la principale source de propagation du SARS-CoV-2 pour ses semblables et pour les espèces animales qui lui sont proches, les mesures de lutte antipandémique, notamment la vaccination, font espérer une diminution progressive de la circulation virale. Toutefois, la persistance du virus dans certaines espèces animales sensibles, en particulier les plus sensibles, pourrait créer un nouveau réservoir.

L’origine exacte du SARS-CoV-2 n’ayant pas été identifiée, la surveillance doit s’exercer principalement sur les espèces dont on a montré la sensibilité et qui pourraient jouer le rôle de réservoir. C’est principalement le cas des visons et des chiens viverrins, les animaux de compagnie proches de l’Homme, comme le chat, le furet, le lapin ou le hamster, représentant un risque sporadique. Le risque lié aux chats errants ou à la faune sauvage liminaire sensible sera plus difficile à évaluer, notamment si la sensibilité de ces animaux évolue avec les virus variants.

Parmi les mesures préconisées pour prévenir le risque hypothétique d’un réservoir animal du SARS-CoV-2, on peut envisager la vaccination, la surveillance des espèces animales sensibles, la prévention de leur contamination par l’Homme et accorder une attention soutenue à la surveillance des chauves-souris.

[Le rapport présente ensuite en détail les mesures proposées et les recommandations associées].