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Classification phylogénétique du vivant - Tome 2

Publié en ligne le 4 octobre 2013
Note de lecture de Philippe Le Vigouroux

Les deux auteurs, le premier, professeur au Muséum national d’histoire naturelle et membre du Comité de parrainage scientifique de l’AFIS et de Science et pseudo-sciences, le second, professeur à l’Université Pierre et Marie Curie à Paris, publient un deuxième tome de leur Classification phylogénétique du vivant, une douzaine d’années après le premier volume 1. Celui-ci est devenu une référence incontournable pour les étudiants en biologie, les enseignants du primaire au supérieur et pour un large public naturaliste intéressé par la compréhension des relations entre espèces. Il venait alors combler une lacune éditoriale en présentant les résultats d’une méthode de classification des espèces mise en œuvre depuis le milieu du XXe siècle.

La phylogénie correspond à un regroupement des espèces, en clades ou taxons, sur la base des ressemblances anatomiques, de développement ou génétiques. Cette méthode, dite cladistique, suppose que de tels caractères partagés par deux espèces actuelles – on parle d’homologies – sont hérités d’une espèce ancestrale. Ainsi, en rapprochant des espèces qui parfois ne se ressemblent pas beaucoup, cette classification traduit une histoire évolutive du vivant : par exemple, les crocodiles sont plus proches parents des mésanges ou des pigeons que des tortues ou des lézards. Crocodiliens et Oiseaux constituent un clade, le groupe monophylétique des Archosauriens, issu d’une espèce ancestrale exclusive que n’ont pas dans leur généalogie les tortues et les lézards. Une telle classification est la seule qui fait sens dans le cadre de la biologie contemporaine, évolutionniste 2.

Dans l’avant-propos, en quelques pages plus épistémologiques, les auteurs répondent à trois critiques opposées à leur volume de 2001. D’une part, ils rappellent que toute classification phylogénétique peut être soumise à réfutation, en fonction de données nouvelles, de plus en plus nombreuses, comme celles issues du séquençage du génome d’espèces, et que, par conséquent, il ne peut être question d’une classification définitive. Une autre critique implique la découverte du transfert de gènes entre espèces différentes, ponctuellement, une transmission dite « horizontale » par opposition à la transmission « verticale » d’une génération à l’autre au sein d’une espèce. Ce transfert horizontal concerne essentiellement les microorganismes. Tout en signalant quelques cas chez les plantes à fleurs, les auteurs annoncent que ce point sera discuté dans la quatrième édition, en préparation, de la Classification phylogénétique du vivant, Tome 1. Enfin, les auteurs justifient le choix restreint des groupes présentés alors, d’abord par leur portée pédagogique, car représentant le monde vivant le mieux perceptible par chacun, mais aussi par le fait que les classifications présentées dans ce Tome 2 n’étaient pas assez avancées il y a dix ans.

Ce Tome 2 de la Classification phylogénétique du vivant présente les différents groupes de plantes à fleurs (ou angiospermes), soit actuellement 268 938 espèces répertoriées. Avec une quinzaine d’années de retard sur ce qui s’est fait chez les vertébrés, la méthode cladistique a permis, par l’analyse génétique, de refondre radicalement la classification des plantes à fleurs et c’est principalement la dernière version proposée par l’Angiosperm Phylogeny Group en 2009 qui est utilisée ici. Les plantes à fleurs étaient jusqu’alors classées en deux groupes 3, le bouleversement principal est l’éclatement de celui des Dicotylédones, dont l’analyse génétique montre qu’on ne peut trouver une espèce ancestrale exclusive.

On y rencontre aussi six groupes animaux dont le nom n’évoquera peut-être pas grand-chose : les cnidaires (dont Rhizostoma pulmo, une méduse de la côte atlantique), les hexapodes (clade qui contient les insectes mais aussi les protoures et les collemboles, petites bestioles des litières de feuilles et des sols), les eumétaboles (l’un des différents groupes d’insectes), les squamates (clade dans lequel on place le gecko tokay, le varan de Komodo ou encore le lézard des murailles), les oiseaux (avec 10 463 espèces répertoriées) et les téléostéens (principal groupe des « poissons » 4 qui comprend près de la moitié des espèces actuelles de vertébrés répertoriées).

Pour les principaux groupes, sont expliquées quelques étapes de leur constitution, et pour chaque clade, sont donnés les caractères propres, les plus anciens fossiles identifiés, la répartition géographique actuelle ainsi que des informations sur le mode de vie. Ces informations illustrent parfois les limites de notre connaissance de la biodiversité qui nous entoure. Comme le premier ouvrage, celui-ci est richement illustré de dessins qui permettent de repérer les caractères pris en compte pour le rapprochement des espèces.

Gageons que cet ouvrage deviendra, lui aussi, un outil indispensable pour beaucoup. Il séduira aussi le public qui avait été conquis par ce qui devient, désormais, le Tome 1 de la Classification phylogénétique du vivant ; il comblera aussi tous ceux qui y avaient regretté l’absence de groupes importants, et, en particulier, les amateurs éclairés, souvent auxiliaires locaux de la science académique dans les domaines de la botanique, de l’entomologie ou de l’ornithologie.

1 Voir la note de lecture publiée dans SPS 247, juin 2001.

2 Selon le titre d’un article du biologiste Theodosius Dobzhansky, « Rien en biologie n’a de sens, si ce n’est à la lumière de l’évolution » (Nothing in Biology Makes Sense except in the Light of Evolution, The American Biology Teacher (1973) 35 (3) : 125-129).

3 Au XIXe siècle, deux groupes de plantes à fleurs avaient été constitués : les Monocotylédones, comme le blé dont la graine n’est dotée que d’un seul cotylédon et les Dicotylédones, comme le haricot dont la graine en possède deux. Les cotylédons sont des organes qui renferment les réserves nécessaires au développement de l’embryon.

4 Rappelons que dans le cadre de la classification phylogénétique, le groupe traditionnel des Poissons, tout comme celui des Reptiles, n’est pas pertinent car ne regroupant pas toutes les espèces actuelles issues d’une même espèce ancestrale : dans les « poissons », on plaçait des espèces qui ne présentent pas de parenté proche, comme la raie et le saumon, par exemple, dont l’espèce ancestrale la plus proche a aussi pour descendants le clade des Mammifères.


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